التخطيط للبدء فى انشاء برامج الدراسات العليا بكلية طب الأسنان بجامعة الملك سعود بدء منذ عام1402هـ عندما قرر مجلس الكلية " وبأسرع ما يمكن"  تقديم تسع برامج دراسات عليا في تسعة تخصصات من طب الأسنان. قرار الكلية كان استجابة للخطة الخمسية الرابعة للمملكة العربية السعودية لتغطية إحتياجات المملكة للخدمات الصحية وخاصة طب الاسنان.
 وفي إجتماع مجلس عمادة كلية طب الاسنان يوم 10/4/1403هـ (أكتوبر 1983م) ناقش المجلس وأوصى بإنشاء مركز للدراسات العليا في كلية طب الأسنان لتنسيق الخطط وتطبيق برامج الدراسات العليا بالكلية حيث تم انشاء الهيكل التنظيمي واقراره.
  ومن خلال انشطه ادارة الكلية ، ومدير الدراسات العليا لطب الاسنان في ذلك الوقت ، ومجلس الدراسات العليا بطب الأسنان ولجان التخطيط بالاقسام، تم تقدير الحد الأدنى من المعدات و الاحتياجات للبحوث الاساسية حيث قدم مدير الدراسات العليا  التقرير لمجلس الكلية.  في 1406هـ، وتمت الموافقة عليه وأرسل  إلى ادارة الجامعة. وبالتالي كان التمويل اللازم متوفر للكلية سنة 1408هـ.
وفي نهاية 1409هـ  تم اعداد وتقديم  تخصص واحد فقط من برامج الدراسات العليا الى مجلس الكلية وذلك للموافقة عليه واحيل الطلب الى كلية الدراسات العليا بالجامعة للحصول على الموافقة النهائية.
 وبحلول بداية 1410هـ ،  تمت الموافقة علي  برنامج درجة الماجستير لتخصص الاستعاضة الصناعية السنية  من جانب كلية الدراسات العليا للجامعة. وتم قبول الطلاب وشرعوا في دراساتهم في بداية 1989-1990م .  الدفعة الاولى تكونت من واحد من الذكور وثلاثة من الإناث حصلوا على درجة الماجستير في الاستعاضة الصناعية السنية في حزيران / يونيو 1993 (1413هـ).
يتم قبول متقدمين جدد في كل عام فى مختلف تخصصات طب الاسنان وفي نهاية العام الدراسي 1430 - 1431هـ ، تخرج واحد وثلاثون (31) من الذكور ومائه وتسعة عشر (119) من الاناث  أتموا بنجاح دراسات التعليم العالي في تسعة تخصصات من تخصصات طب الاسنان.
 
وفى رجب 1430هـ صدرت موافقة جامعة الملك سعود يتحويل مسمى مدير برنامج الدراسات العليا بكلية طب الاسنان الى وكيل كلية طب الاسنان للدراسات العليا والتعليم المستمر.
 لازالت الكلية ممثلة فى وكالة الدراسات العليا بالكلية تقدم دورا قياديا في وضع نهج مناسب لتدريب خريجي طب الاسنان في المملكة وذلك من جانب تصميم الدراسات العليا في الهيكل الجديد الذي يجمع بين درجة عليا ، وشهادة مهنيه من الكفاءة الاكلينيكية حيث تتوقع الكلية من اولئك الذين يغتنمون الفرصة للتدريب ان يكونون قادرين على العمل بكفاءة عالية أينما كانوا، سواء بكلية طب أسنان أو بمعهد بحوث أو بمستشفى عام أو تخصصي.
 ومع استمرار قبول الذكور والاناث في القائمة الحالية و مسارات التدريب التخصصي، تتأكدالكلية التزامها بتوفير الفرصة للجميع للحصول على تعليم عالي الجودة داخل المملكة.

لا شك بأن التعليم هو أحد أهم أولوياتنا الوطنية، حيث يعزز المجتمع المتعلم تنمية القيم المجتمعية والاقتصادية على نحو أفضل، ويساهم في ازدهار الوطن. إذ أصبحت جودة التعليم العالي ضرورةً ملحة ومطلباً وطنياً من أجل رفع مستوى رضا المستفيدين، و تحقيق جودة المنتجات والخدمات المقدمة من خلال التأكيد على مفهوم التميز والإجادة في الممارسات الإدارية و الأكاديمية.

إن حصول أي منشأة تعليمية على شهادة الأيزو يتطلب العمل الجاد و الدؤوب نحو تحسين نوعية التعليم من خلال التطوير المستمر و مراقبة معايير الجودة. بالإضافة إلى نشر ثقافة التطوير المستمر، فإنه من الضروري أيضا الاهتمام ببعض العناصر الهامة في دعم تطبيق إدارة الجودة بنجاح، مثل التزام الإدارة العليا، والتركيز على العملاء، والاهتمام بجودة المدخلات و المخرجات ، وقياس الأداء، والتشجيع على العمل الجماعي و تنمية المهارات. ينبغي للكلية و شركائها أن تعمل معاً كفريق واحد من أجل المضي قدما في ضمان الجودة و تلبية المطالب الحالية و التوقعات المستقبلية.
يجب أن نكون فخورين بحصول كليتنا على شهادة الايزو و التقدم خطوة على طريق التميز، ولكننا بالتأكيد لن نكون راضين اذا بقي النظام حبيس الأوراق و الأرفف ولم يفعّل على أرض الواقع وهذه المهمة منوطة بالجميع. ولذلك فإن الخطوة التالية هي التركيز على تطبيق النظام مع بحث امكانية الارتقاء الى الحلول الالكترونية. إن التطبيق الفعال لمعايير الايزو من قبل المؤسسات التعليمية قد يلعب دوراً رئيساً في الوفاء بمتطلبات الجودة وربما يفوق التوقعات.